Alternants et Stagiaires : sont-ils éligibles au Crédit d’Impôt Recherche (CIR) / Innovation (CII) ?

Alternants et Stagiaires : sont-ils éligibles au Crédit d’Impôt Recherche (CIR) / Innovation (CII) ?

Nous sommes en juin, période stratégique pour le recrutement des alternants en vue de la rentrée prochaine. Pour les entreprises engagées dans des projets de recherche et développement et d’innovation (R&D), c’est aussi le moment idéal pour anticiper leur CIR/CII.  

En effet, le CIR et le CII sont des leviers majeurs pour les entreprises innovantes. Mais qu’en est-il des dépenses liées aux stagiaires et aux alternants ? Peuvent-elles être intégrées dans le calcul ? Voici un point complet, à jour des dernières évolutions, pour maximiser votre stratégie de financement de la R&D* ‍

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Bonne nouvelle, ces profils éligibles au CIR/CII !

Les rémunérations versées aux stagiaires et alternants peuvent être prises en compte dans le calcul de ces crédits d’impôt, à condition qu’ils participent directement à des activités éligibles. Leur contribution doit être effective et documentée dans des travaux répondant aux critères du Manuel de Frascati (nouveauté, créativité, incertitude scientifique ou technique, systématicité, transférabilité) pour le CIR (pour plus d'informations sur le CIR) ou le manuel d’Oslo pour le CII (pour plus d’informations sur le CII). Il est donc crucial d’assurer une traçabilité précise de leurs missions et de leurs livrables pour le dossier justificatif.

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Le rôle du tuteur ou maître de stage

La supervision des stagiaires et alternants peut constituer elle-même une activité valorisable. Le temps passé par les tuteurs à encadrer ces jeunes en R&D peut être inclus dans les dépenses éligibles, dès lors qu’il contribue effectivement aux travaux de recherche ou d’innovation déclarés. D’autant plus que les stagiaires et les alternants sont assimilés à des techniciens de recherche, ils ne peuvent être valorisés seuls dans les dépenses de personnels.

Conditions d’éligibilité

• Participation effective à la R&D ou Innovation : Le stagiaire ou l’alternant doit consacrer tout ou partie de son temps à des travaux de recherche éligibles au CIR/CII.

• Justification du temps passé : Il est indispensable de pouvoir justifier la part de l’activité réellement dédiée à la R&D.

Calcul pour les alternants

• Rémunération : Le salaire brut annuel de l’alternant est pris en compte.

• Cotisations patronales : Le taux applicable est d’environ 10% du salaire brut pour un alternant, contre plus de 40% pour un salarié classique.

• Exemple 2025, pour un alternant à 1 300 € brut/mois, avec 9,5 mois temps en entreprise sur des travaux de R&D ou d’innovation

• CIR :

- Frais de personnel éligible : (1300 + 1300 x 10%) x 9,5 =13 585 €

- Frais de fonctionnement : 2700 x 40% =5 534 €

- Assiette CIR : 13 585 + 5 534 = 19 019 €

- CIR = 19 019 x 30% = 5 706 €

• CII :

- Frais de personnel éligible : (1300 + 1300 x 10%) x 9,5 =13 585 €

- Assiette CII : 13 585 €

- CII = 13 585 x 20% = 2 717 €

Calcul pour les stagiaires

• Rémunération : Le montant pris en compte correspond à la gratification brute versée au stagiaire, généralement au minimum légal (4,05 € brut/heure en 2025)

• Cotisations patronales : Aucune cotisation n’est à ajouter, sauf si la gratification dépasse le seuil légal

• Exemple 2025 pour un stage de 6 mois à 600 €/mois, avec 4,5 mois consacré à la R&D :

• CIR :

- Frais de personnel éligible : 600 x 4,5 = 2 700 €

- Frais de fonctionnement : 2700 x 40% = 1080 €

- Assiette CIR : 2 700 + 1080 = 3 780 €

- CIR = 3780 x 30% = 1 134 €

• CII :

- Frais de personnel éligible : 600 x 4,5 = 2 700 €

- Assiette CII : 2 700 €

- CII = 2 700 x 20% = 540 €

Bonnes pratiques pour sécuriser votre CIR/CII

• Documentez les missions et le temps passé en R&D : Tenez un suivi des activités précis et détaillez les tâches confiées aux stagiaires et alternants.

• Vérifiez la nature des travaux : Les missions doivent relever de la recherche fondamentale, recherche appliquée, développement expérimental ou innovation.

• Adaptez votre stratégie RH : L’intégration de stagiaires et d’alternants au sein de vos projets de R&D-I représente une opportunité stratégique à double enjeu : améliorer le montant de votre CIR ou CII tout en formant vos futurs collaborateurs. Cela favorise également le renforcement des partenariats avec les établissements d’enseignement supérieur et les laboratoires académiques, ancrant votre entreprise dans un écosystème d’innovation durable. N’oubliez pas les conventions obligatoires de stage, et pour les alternants, les contrats d’apprentissage ou de professionnalisation.

Conclusion

Intégrer les dépenses de stagiaires et d’alternants dans votre déclaration de CIR/CII est une opportunité concrète pour le financement de vos projets innovants. Cependant, la réussite de cette démarche repose sur une parfaite maîtrise des critères d’éligibilité, une justification rigoureuse et une bonne gestion documentaire.

C’est là qu’intervient Harlan. Spécialiste des dispositifs de financement de l’innovation, Harlan propose une plateforme digitale tout-en-un qui simplifie et sécurise chaque étape de la gestion du CIR :

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• Calcul automatisé du CIR /CII : estimez en toute autonomie le montant à déclarer, en tenant compte des spécificités liées aux stagiaires et alternants

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